Federalizarea Republicii Moldova ar putea deveni un instrument prin care Rusia să încerce să blocheze aderarea țării la Uniunea Europeană, folosindu-se de influența pe care o exercită în regiunea transnistreană și în Găgăuzia. Totuși, un asemenea scenariu nu poate fi impus fără acordul Chișinăului, iar actuala majoritate parlamentară proeuropeană face improbabilă realizarea acestuia.