Calitatea apei rămâne o problemă importantă în R. Moldova, mai ales în zonele rurale, unde multe gospodarii folosesc apă din fântâni, însă aceasta nu corespunde standardelor de siguranță. Specialiștii menționează că o parte semnificativă a apelor subterane este poluată, în special de nitrați, proveniți din agricultură și gospodării.